Upravljanje zavoda je v Zakonu o zavodih (Ur.l. RS 12/1991, 29.člen) opredeljeno dokaj nenatančno. Funkcijo upravljanja ima Svet zavoda ali drugi kolegijski organ. Svet zavoda sestavljajo osem predstavnikov ustanoviteljev, en predstavnik financerja in trije predstavniki zaposlenih.

Svet zavoda sprejema pravila, splošne akte zavoda, programe dela, spremlja njihovo uresničevanje in razvoj zavoda. Določa finančni načrt in spremlja zaključni račun zavoda ter ustanovitelju predlaga spremembo ali prenehanje dejavnosti. Ustanovitelju in ravnatelju zavoda daje predloge ter mnenja o posameznih vprašanjih in nadzira zakonitost dela in poslovanja. Svet zavoda tudi spremlja, analizira in ocenjuje delo zavoda in direktorja pri izvrševanju programov dela, imenuje in razrešuje tudi poslovodni organ zavoda (Zakon o zavodih, Ur.l. RS 12/1991, 30., 32. čl).

V ustanovitvenem aktu je bolj natančno določena pristojnost in vpliv ustanovitelja, ki odloča o vrsti in obsegu dejavnosti zavoda ter ima ključno vlogo pri postavitvi poslovodnega organa – pri imenovanju in razrešitvi direktorja zavoda.

Dejavnosti, ki jih opravlja javni zavod, lahko na splošno razvrstimo v tri skupine (Zver, 2003, str. 10):

• dejavnost javne službe, ki je financirana iz javnih virov (obseg dela, cene, vsebina javne službe so določene v pogodbi z Zavodom za zdravstveno zavarovanje Slovenije,
• dejavnost javne službe, s katero javni zavod nastopa na trgu oziroma je financirana iz zasebnih virov (ustanovitelj določa vsebino storitev javne službe)
• tržna dejavnost oziroma prodaja blaga in storitev na trgu, ki ne sodijo v javno službo (vsebina in obseg tržne dejavnosti določi javni zavod sam z letnim delovnim programom, ki je odvisen od zmogljivosti javnega zavoda in trga. Tudi cene določa večinoma zavod sam).

Javni zavod pridobiva sredstva za delo iz javnih in zasebnih sredstev, in sicer (Kamnar, 1999, str. 51):

• javno-finančni viri (sredstva ustanovitelja: država in občina),
• plačila za storitve,
• s prodajo blaga in storitev,
• drugih virov, kot so darila, volila, donacije in podobno.

Država ali lokalne skupnosti so tiste, ki ustanovijo javni zavod. Za ustanovitev javnega zavoda so potrebna sredstva, najprej za ustanovitev – registracijo in nato še sredstva, ki omogočajo začetek in nadaljevanje opravljanja dejavnosti.

Osnovna pravna izhodišča delovanja zavodov določa Zakon o zavodih (1991). Natančnejša določila pa so postavljena še s posebnim zakonom, posebej za vsako vrsto dejavnosti, s katero se ukvarja zavod. Pri ustanovitvi je v večini primerov udeležena država ali občina – tu govorimo o javni lastnini, ker gre za prisotnost javnega interesa, s katerim je opredeljena javna dobrina. To razumemo kot premoženje v obliki stvari, pravic in denarja, s katerim razpolaga in ga upravlja javni zavod, ko ga uporablja za izvajanje svoje dejavnosti oziroma javne službe. Lahko je pri ustanovitvi udeležen samo zasebnik. V tem primeru govorimo o privatni zasebni lastnini. Lastništvo je lahko hkrati tako zasebno kot javno, vendar je to le v redkih primerih, saj velikokrat prihaja do nesoglasij med lastniki – predvsem v primerih vzdrževanja, vodenja zavodov. Težko pa se tudi sporazumejo pri določanju prodajnih cen storitev oziroma proizvodov, ki jih zavod nudi (Kamnar, 1999, str. 68).

Javni zavod lahko ustanovijo država, občina, mesto in tudi druge z zakonom pooblaščene pravne osebe, samoupravna narodnostna skupnost pa ima pravico soustanoviti ali sama ustanoviti javni zavod, ki opravlja dejavnost, pomembno za uresničevanje pravic narodnosti.

Lastništvo, pravno-organizacijska oblika, delovanje, upravljanje, ustanovitev zavoda so urejeni z Zakonom o zavodih (Ur.l.RS 12/1991, 2.,3.,7.,8.,47.,48. člen). Ta postavlja okvir glede ustanovitve zavoda v svojih določbah, ki so:

• ime in sedež oziroma prebivališče ustanovitelja,
• ime in sedež zavoda,
• dejavnost zavoda,
• določbe o organih zavoda,
• sredstva, ki so zavodu zagotovljena za ustanovitev in začetek dela,
• vire, način in pogoje pridobivanja sredstev za delo zavoda,
• pravice, obveznosti in odgovornosti zavoda v pravnem pomenu,
• določbe o odgovornosti ustanovitelja za obveznosti zavoda,
• medsebojne pravice in obveznosti ustanovitelja in zavoda,
• druge določbe v skladu z zakonom (Zakon o zavodih, Ur.l. RS 12/1991, 2.3.7.8.čl).